Annotation of biobar/www/Databases.html, revision 1.11

1.4       jawahar     1: <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
                      2: <html>
                      3: <head>
                      4: </head>
                      5: <body>
1.6       jawahar     6: <h3> Databases currently included in biobar</h3>
1.8       jawahar     7: <p><a href="http://biobar.mozdev.org/installation.html">biobar 1.2.2</a>
1.7       jawahar     8: provides browsing and searching access to the following
1.11    ! jawahar     9: biological databases.<br>
1.4       jawahar    10: </p>
1.5       jawahar    11: <table style="text-align: left; width: 988px; height: 312px;" border="3"
                     12:  cellpadding="2" cellspacing="2">
1.4       jawahar    13:   <tbody>
                     14:     <tr>
1.5       jawahar    15:       <td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Data
                     16: Collections</span><br>
1.4       jawahar    17:       </td>
                     18:       <td
1.5       jawahar    19:  style="vertical-align: top; background-color: rgb(255, 204, 204);">1.
                     20: EBI Databases with SRS<br>
1.4       jawahar    21: 2. NCBI Databases<br>
                     22: 3. DNA Database of Japan(DDBj)<br>
                     23:       </td>
1.5       jawahar    24:       <td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Functional
                     25: Databases</span><br>
1.4       jawahar    26:       </td>
                     27:       <td
                     28:  style="vertical-align: top; background-color: rgb(255, 204, 204);">
                     29:       <ol>
1.11    ! jawahar    30:         <li>aMAZE</li>
        !            31:              <li>BioCyc</li>
        !            32:              <li>KEGG</li>
        !            33:              <li>Gene Ontology (GO)</li>
1.5       jawahar    34:         <li>IntAct</li>
                     35:         <li>Reactome Database</li>
1.4       jawahar    36:       </ol>
                     37:       </td>
                     38:     </tr>
                     39:     <tr>
1.5       jawahar    40:       <td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Sequence
                     41: Databases</span><br>
1.4       jawahar    42:       </td>
                     43:       <td
                     44:  style="vertical-align: top; background-color: rgb(255, 204, 204);">
                     45:       <ol>
                     46:         <li>EMBL Nucleotide Database</li>
                     47:         <li>Ensembl Genome Browser</li>
                     48:         <li>UniProt Sequence Database</li>
                     49:         <li>InterPro</li>
                     50:         <li>Integr8</li>
1.7       jawahar    51:         <li>Expert Protein Analysis System (ExPASy)</li>
                     52:         <li>Pfam</li>
1.8       jawahar    53:         <li>Alternative Splicing Database (ASD)
                     54:        <li>Glovar Genome Browser<br>
1.4       jawahar    55:         </li>
                     56:       </ol>
                     57:       </td>
1.5       jawahar    58:       <td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Structural
                     59: Databases</span><br>
1.4       jawahar    60:       </td>
                     61:       <td
1.5       jawahar    62:  style="vertical-align: top; background-color: rgb(255, 204, 204);">
1.4       jawahar    63:       <ol>
1.5       jawahar    64:         <li>Macromolecular Structure Database (MSD)</li>
                     65:         <li>Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)</li>
                     66:         <li>Protein Data Bank Japan (PDBj)</li>
1.7       jawahar    67:         <li>PDBsum<br>
                     68:         </li>
1.9       jawahar    69:        <li>EM-Search</li>
1.5       jawahar    70:         <li>Nucleic Acid Database (NDB)</li>
                     71:         <li>CATH</li>
                     72:         <li>SCOP</li>
1.4       jawahar    73:       </ol>
                     74:       </td>
                     75:     </tr>
                     76:     <tr>
1.5       jawahar    77:       <td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Animal
                     78: Databases</span><br>
1.4       jawahar    79:       </td>
                     80:       <td
                     81:  style="vertical-align: top; background-color: rgb(255, 204, 204);">
                     82:       <ol>
                     83:         <li>Saccharomyces Genome Database (SGD)<br>
                     84:         </li>
                     85:         <li>Flybase</li>
                     86:         <li>Wormbase</li>
                     87:         <li>Rat Genome Database (RGD)<br>
                     88:         </li>
                     89:         <li>Mouse Genome Informatics (MGI)</li>
1.9       jawahar    90:        <li>Zebrafish Information (ZFIN)</li>
1.4       jawahar    91:       </ol>
                     92:       </td>
1.5       jawahar    93:       <td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Plant
                     94: Databases</span><br>
1.4       jawahar    95:       </td>
                     96:       <td
1.5       jawahar    97:  style="vertical-align: top; background-color: rgb(255, 204, 204);">
1.4       jawahar    98:       <ol>
                     99:         <li>Gramene</li>
                    100:         <li>MaizeGDB<br>
                    101:         </li>
                    102:       </ol>
                    103:       </td>
                    104:     </tr>
                    105:   </tbody>
                    106: </table>
                    107: <p><br>
                    108: </p>
1.1       jawahar   109: <br>
1.4       jawahar   110: </body>
                    111: </html>

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>